Aplinkoje yra du molibdeno šaltiniai

(1) Dėl oro sąlygų iš uolienų išsiskiria molibdenas. Apskaičiuota, kad 1,000 tonos jo kasmet patenka į vandens telkinius ir dirvožemį bei migruoja per aplinką. Netolygus molibdeno pasiskirstymas kai kuriose vietose sukelia „dirvožemio ir vandens ligas“ dėl molibdeno trūkumo, o kai kuriose – „podagros ligas“ (pvz., Armėnijoje) dėl didelio molibdeno kiekio.
(ii) Platesnis molibdeno panaudojimas žmogaus veikloje ir molibdeno turinčio iškastinio kuro (pvz., anglies) deginimas padidino aplinkoje cirkuliuojančio molibdeno kiekį. Pasaulyje per metus pagaminama 100 000 tonų molibdeno, o kasmet sudeginama ir į aplinką išmetama 800 tonų molibdeno. Molibdeno kiekis, įtrauktas į ciklą dėl žmogaus veiklos, viršija natūralų ciklą. Pramonės, kuriose daugiausiai naudojamas molibdenas, yra metalurgija, elektronika, raketos ir kosmosas, atominė energetika, chemija ir žemės ūkis. Molibdeno tarša nebuvo pakankamai ištirta.

Molibdeno pernešimas aplinkoje yra susijęs su oksiduojančiomis ir redukuojančiomis sąlygomis, aplinkos rūgštingumu ir šarmingumu bei kitų terpių įtaka. Kuo labiau oksiduoja ir šarmuoja vanduo ir dirvožemis, tuo lengviau molibdenas sudaro MoO jonus; Tokios būsenos augalai gali pasisavinti molibdeną. Aplinkos rūgštingumas didėja arba redukuojamumas didėja, molibdenas lengvai virsta kompleksiniais jonais ir galiausiai susidaro MoO; šią molibdeno būseną lengvai fiksuoja molis ir dirvožemio koloidai bei humino rūgštis, ji tampa neaktyvi ir negali būti absorbuojama augalų. Vandenyje dėl redukuojančios giliavandenės aplinkos molibdenas adsorbuojamas organinėmis medžiagomis, o po to suvyniojamas į koloidus, kuriuose yra mangano, galiausiai suformuojant mazgelius, kurie nugrimzta į jūros dugną ir pašalinami iš biosferos ciklo.
Molibdenas mažai veikia šiltakraujus gyvūnus ir žuvis. Didelis molibdeno kiekis neigiamai veikia augalus, tyrimai rodo, kad: molibdeno koncentracija 0.5 ~ 100 mg/l, kai linų augimas turės įvairaus laipsnio poveikio; 10–20 mg / l, kai sojų pupelių augimas turi žalingą poveikį; 25–35 mg/l, kai medvilnės augimas yra šiek tiek žalingas; 40 mg/l, kai cukrinių runkelių augimas turi žalingą poveikį. Molibdeno koncentracijai vandenyje pasiekus 5 mg/l, bus slopinamas biologinis vandens savaiminis išsivalymas; kai 10 mg/l, šis poveikis bus dar labiau slopinamas, o vanduo turi stiprų sutraukiantį skonį; kai 100 mg/l, vandens telkinio mikrobų dauginimasis sulėtėja, vanduo būna kartaus skonio. Kinija numato, kad didžiausia leistina molibdeno koncentracija gruntiniame vandenyje – 0,5 mg/l, didžiausia leistina tirpaus molibdeno koncentracija dirbtuvių ore – 4 mg/m3; o netirpus molibdenas yra 6 mg/m3.